Auch das Bachneunauge (Lampetra planeri) kann im Fokus artenschutzrechtlicher Kartierungen stehen, wenn zum Beispiel Eingriffe in Bäche (Bachverlegungen, etc.) geplant sind, deren mögliche Folgen für die Population abzuschätzen sind.
Eine Methode, die Bachneunaugen ganzjährig nachzuweisen, ist die vorsichtige Siebung von Material aus Schlickbänken, um die darin eingegrabenen Larven, Querder genannt, zu entdecken. Nächtliches Ableuchten und Elektrofischerei vervollständigen das Methodenspektrum.